สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจันทบุรี เขต 1 เป็นหน่วยงานที่อยู่ภายใต้การกำกับการดูแลของสำนักงานคณะกรรมการขั้นพื้นฐาน มีหน้าที่ดำเนินการ ให้เป็นไปตามอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการเขตพื้นที่การศึกษา ตามมาตรา 38 แห่ง พระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ.2542 และแก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2545 และมาตรา 37 แห่งพระราชบัญญัติ ระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2544 โดยมีผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจันทบุรี เขต 1 เป็นผู้บริหาร และแบ่งงานออกเป็น 8 กลุ่มงาน ตามประกาศตามกระทรวงศึกษาธิการ เรื่องการแบ่งส่วนราชการภายใน สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา พ.ศ. 2564 ดังนี้

1. กลุ่มอำนวยการ
2. กลุ่มบริหารงานบุคคล
3. กลุ่มพัฒนาบุคลากร
4. กลุ่มนโยบายและแผน
5. กลุ่มส่งเสริมการจัดการศึกษา
6. กลุ่มนิเทศ ติดตาม และประเมินผลการจัดการศึกษา
7. กลุ่มบริหารการเงินและสินทรัพย์
8. กลุ่มส่งเสริมการศึกษาทางไกล เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
9. หน่วยตรวจสอบภายใน